Interview s koordinátorem projektu AGENT na webu TV Zemědělec

Ve VURV v.v.i. Praha proběhlo ve dnech 10. až 12. 5. 2022 zasedání k projektu AGENT (Activated GEnebank NeTwork, Aktivovaná síť genových bank) v rámci výzvy Horizon 2020. Koordinátor projektu Profesor Nils Stein z IPK Gatersleben poskytl redaktorce Barboře Venclové rozhovor, který je zveřejněn na TV Zemědělec (Rozhovor s odborníkem).

Překlad rozhovoru:


Profesor Nils Stein je koordinátorem projektu Aktivovaná síť genových bank nazývaného AGENT. V Praze-Ruzyni jsme se potkali při příležitosti výročního zasedání účastníků projektu.

Můžete mi říci detaily o projektu?

Projekt AGENT je zaměřen na genetické zdroje rostlin uplatnitelné ve výživě a v zemědělství. Tyto zdroje jsou uchovávány v genových bankách Evropy, které vzájemně spolupracují, aby byly genetické zdroje k dispozici pro uživatele, hlavně šlechtitele, výzkum a také pro farmáře. Náš projekt je založen na spolupráci. V současnosti genové banky fungují v národním prostředí, mají genetické zdroje uloženy, ale existuje o nich pouze omezené množství informací. Šlechtitel, který chce genetické zdroje použít ve svém šlechtitelském programu, se dozví jen druh a odrůdu plodiny a její původ. Projekt AGENT se proto snaží poskytnout další podrobnější informace pro výběr odrůdy pro šlechtění, a to jak genotypové, tak fenotypové. To vše dohromady je síť spolupracujících institucí. Druhou částí je zajistit, aby byly informace trvale dostupnými prostřednictvím databází a internetových zdrojů. Proto je důležité nastavit síť na schválené standardy pro vytváření dat a jejich uchování, výměnu informací, aby spolupracující instituce vytvořily aktivně spolupracující síť.

Kdo všechno se na projektu podílí, jací partneři?

Jde o velký společný projekt v rámci programu Horizon 2020. Zahrnuje 19 partnerů, plánován je na pět let s prostředky 7 milionů EUR. Důležité je, že jde o síť genových bank. V projektu máme skutečně velké množství institucí, které jsou genovými bankami nebo s nimi těsně spolupracují. Toto reprezentuje 14 partnerů, dále máme čtyři partnery, kteří jsou experti v genomové analýze, bioinformatice, genomice a mají zkušenosti se strukturou dat a datovými standardy, které jsou potřebné k uchování dat a odpovídají FAIR standardu (nalezitelné, vyměnitelné, zpracovatelné, čitelné).

Jaký je smysl projektu a jeho aktuální výstupy?

Projekt je financován na 5 let. Nyní jsme ukončili druhý rok. Po zahájení nás zastihla pandemie Covidu, toto setkání je tedy první osobní. Na začátku projektu jsme museli vybrat materiál, který chceme charakterizovat v průběhu řešení. Z každé genové banky jsme vybrali kolekce pšenice a ječmene, celkem 500 položek, pro něž získáme genotypové informace, což je jako otisk prstu. Budeme tak schopni porozumět tomu, jestli existují duplikace mezi genovými bankami, jaké položky jsou unikátní a specifické pro jednotlivé genové banky. Cílem je pochopení toho, jaká je globální diverzita těchto důležitých druhů. Projekt nám neumožní udělat vše, protože například genové banky v Praze-Ruzyni, nebo v Německu a Francii uchovávají desetitisíce vzorků. My můžeme charakterizovat pouze vybrané množství vzorků. Díky tomu budeme schopni tyto vzorky z různých genových bank opravdu popsat, vyvinout a přizpůsobit metody potřebné k charakterizaci položek genových bank a zajistit potřebnou infrastrukturu pro data, která bude sloužit k jejich uložení a porovnání jednotlivých institucí. Důležité je, zejména z důvodů historických a výměny materiálu, že GB mají nejen unikátní materiály, ale i duplikace. To je to, co potřebujeme identifikovat. Jde o velmi důležitý aspekt projektu. Když zjistíme, že materiál je udržován a charakterizován v průběhu let na různých místech a v rozdílných klimatických podmínkách Evropy, můžeme tyto informace v rámci sítě spolupracujících genových bank soustředit. A to byl přesně náš záměr pro vytvoření této sítě. Ta bude pokračovat ve svém mandátu uchovávat materiál, ale také doplňovat nové informace, integrované na základě genotypu mezi jednotlivými centry.

Kategorie aktuality, média, odrůdy.