Národní program konzervace a využívání genetických zdrojů mikroorganismů a drobných živočichů hospodářského významu



Úvod
Zoopatogenní mikroorganismy Fytopatogeny UP Olomouc Patogeny chmele Průmyslově využitelné mikroorganismy Mlékárenské mikroorganismy
Pivovarské kvasinky Fytopatogenní viry Viry ovocných dřevin Viry brambor Viry okrasných rostlin Fytopatogenní bakterie
Rhizobia Biotrofní houby Houby UK Praha Zemědělsky významné houby Fytopatogenní oomycety Jedlé makromycety VÚRV
Basidiomycety Živočišní škůdci Skladištní škůdci CCM - potravinářské technologie
Mlékárenské a pekárenské kontaminanty
Námelovité houby


  Sbírka fytopatogenních virů brambor

O sbírce

•    Historie
Sbírka virů patogenních pro brambory byla ve Výzkumném ústavu bramborářském v Havlíčkově Brodě založena v sedmdesátých létech minulého století v souvislosti s řešením výzkumných projektů C 11-329-105-01-07 „Druhy a kmeny virů brambor v podmínkách ĆSSR“ (1976-1978) a C 11-329-105-01-08 „Metody dlouhodobé konzervace a stabilizace virů (1976-1980). Byly propracovány dvě metody dlouhodobé konzervace (lyofilizace šťávy a desikace pletiva nad CaCl2). V rámci řešení projektu R 329 – 103 „Rostlinné biotechnologie ve šlechtění brambor“ (1991 – 1994) byly studovány podmínky převodu a uchování izolátů jednotlivých virů do in vitro a vytvořena tak sbírková kolekce celkem celkem 231 izolátů od šesti virů bramboru. Všechny izoláty jsou i nadále udržována pomocí in vitro technologie, část též zamražené (-80OC), desikované, nebo lyofilizované.

•    Charakteristika sbírky (kmenů), počty kultur
  V databázi http://www.vurv.cz/collections/collection_oprtrs.htm je nyní v sedmi subkolekcích evidováno 544 položek.
1.  Virus svinutky bramboru (PLRV):  V kolekci je nyní  61 původních izolátů, udržovaných na rostlinách  bramboru na bankovních půdách, z nich však bez kontaminace dalším virem (většinou PVS) je pouze 33 izolátů. Všechny izoláty tohoto viru jsou charakterizovány sérologicky, symptomatologicky  a molekulární diagnózou RT-PCR a qRT-PCR. Úplný génom tří izolátů byl sekvenován (VIRUBRA 1 /045, 1/046, 1/047)  a uložen v GbeneBank. Izoláty jsou vedeny s katalogovými čísly VIRUBRA 1/001 – VIRUBRA 1/079.
2. Virus Y bramboru   (PVY) : Na tabácích je udržováno 12 izolátů, na původních rostlinách bramboru  100 izolátů. Původní i nové izoláty tohoto viru, doplněné o základní charakteristiky, jsou  s označením VIRUBRA 2/001 – 2/206 umístěny do databáze na internetu. Kolekci in vitro nyní tvoří celkem 112 izolátů, většina je charakterizovaná na kmenové úrovni.
3. Virus A bramboru  ( PVA): Na rostlinách tabáku je nyní v kolekci 5 izolátů PVA a dále 25 izolátů PVA je udržováno na rostlinkách bramboru . V databázi na internetu mají izoláty PVA  katalogová čísla VIRUBRA 3/001 – 3/057. Některé izoláty jsou uchovávány též v desikované podobě nad  CaCl2
4.  Virus M bramboru  (PVM) : Je udržováno 43 původních izolátů tohoto viru na rostlinách  bramboru.  Některé z udržovaných izolátů  jsou souběžně kontaminovány též virem S bramboru, pocházejících z původních zdrojů (odrůd bramboru),  ze kterých byla izolace provedena. V databázi na internetu jsou vedeny  s katalogovými čísly VIRUBRA 4/003 –  4/062.
5. Virus X bramboru (PVX): Kolekci izolátů tohoto viru, udržovaných na původních odrůdách bramboru v podmínkách in vitro, v současné době tvoří 27 položek. Rovněž u tohoto viru je, v důsledku izolace z původních odrůd  přítomen též PVS (15 izolátů). Do databáze na internetu jsou  izoláty PVX zařazeny s katalogovými čísly VIRUBRA 5/004 – 5/039.
6. Virus S bramboru (PVS) : V kolekci izolátů samotného PVS je  v současné době udržováno celkem 262 položek. V databázi na internetu jsou izoláty této rozsáhlé subkolekce uváděny pod katalogovými čísly VIRUBRA 6/001 – 6/407.
7. Další viry a viroidy bramboru : V současné době jsou in vitro na původních odrůdách bramboru udržovány: dva izoláty Viroidu vřetenovitosti hlíz bramboru (PSTVd) a dále dalších 7 izolátů PSTVd  získané z okrasných rostlin Solanum jasminoides a S. murricatum, které  byly zpětně inokulovány na rostliny bramboru, pět izolátů Viru mop-top bramboru (PMTV), jeden izolát Viru nekrotické kadeřavosti tabáku (TRV), jeden izolát Viru V bramboru (PVV), dva izoláty Viru aukubové mozaiky bramboru (PAMV), jeden izolát Viru drsné zakrslosti bramboru (PRDV).
Karanténně významné viry resp. izoláty a viroidy jsou udržovány  se souhlasem fytokarantény v souvislosti s pověřením našeho pracoviště k výkonu činnosti referenční laboratoře.


•    Současná kolekce izolátů
V databázi http://www.vurv.cz/collections/collection_oprtrs.htm je nyní v sedmi subkolekcích evidováno 544 položek.
1.    PLRV:  V kolekci je nyní  61 původních izolátů, udržovaných na rostlinách  bramboru na bankovních půdách, z nich však bez kontaminace dalším virem (většinou PVS) je pouze 33 izolátů. Všechny izoláty tohoto viru jsou charakterizovány sérologicky, symptomatologicky, a molekulární diagnózou RT-PCR a qRT-PCR. Úplný génom tří izolátů byl sekvenován (VIRUBRA 1 /045, 1/046, 1/047)  a uložen v GbeneBank. Izoláty jsou vedeny s katalogovými čísly VIRUBRA 1/001 – VIRUBRA 1/079.
2.    PVY : Na tabácích je udržováno 12 izolátů, na původních rostlinách bramboru  101 izolátů. Původní i nové izoláty tohoto viru, doplněné o základní charakteristiky, jsou  s označením VIRUBRA 2/001 – 2/204 umístěny do databáze na internetu. Kolekci in vitro nyní tvoří celkem 113 izolátů, většina je charakterizovaná na kmenové úrovni.
Při -80OC je udržována pracovní sbírka současných izolátů PVY ze sadbových materiálů, která byla hodnocena sérotypově a reakcí na indikátorových rostlinách (tabácích) pro jejich bližší kmenovou charakterizaci. Sbírka obsahuje 2326 položek získaných v roce 2008 a 2009.
3.    PVA: Na rostlinách tabáku je nyní v kolekci 5 izolátů PVA a dále 23 izolátů PVA je udržováno na rostlinkách bramboru . V databázi na internetu mají izoláty PVA  katalogová čísla VIRUBRA 3/001 – 3/055.
4.    PVM : Je udržováno 39 původních izolátů tohoto viru na rostlinách  bramboru.  Některé z udržovaných izolátů, jsou souběžně kontaminovány též virem S bramboru, pocházejících z původních zdrojů (odrůd bramboru),  ze kterých byla izolace provedena. V databázi na internetu jsou vedeny  s katalogovými čísly VIRUBRA 4/003 –  4/059.
5. PVX : Kolekci izolátů tohoto viru, udržovaných na původních odrůdách bramboru v podmínkách in vitro, v současné době tvoří 27 položek. Rovněž u tohoto viru je, v důsledku izolace z původních odrůd  přítomen též PVS (15 izolátů). Do databáze na internetu jsou  izoláty PVX zařazeny s katalogovými čísly VIRUBRA 5/004 – 5/039.
6. PVS : V kolekci izolátů samotného PVS je  v současné době udržováno celkem 275 položek. V databázi na internetu je větší část této rozsáhlé subkolekce uváděna pod katalogovými čísly VIRUBRA 6/001 – 6/407.
7. Další viry a viroidy bramboru : V současné době jsou in vitro na původních odrůdách bramboru udržovány: dva izoláty PSTVd, pět izolátů PMTV, jeden izolát TRV, jeden izolát PVV, dva izoláty PAMV, jeden izolát PRDV.
Karanténně významné viry resp. izoláty a viroidy jsou udržovány  se souhlasem SRS v souvislosti s pověřením našeho pracoviště k výkonu činnosti referenční laboratoře pro karanténní viry u brambor.


•    Metody uchování kmenů
Vybrané izoláty jednotlivých virů jsou před vlastním převodem do in vitro hodnoceny symptomaticky a pomocí sérologických a biologických testů. V podmínkách in vitro jsou izoláty uchovávány v aseptických podmínkách a v závislosti na výchozí hostitelské rostlině pasážemi pomocí nodálních řízků, případně též u brambor v mikrohlízkách po indukci tuberizace.  Při pasážování  se řízky převádějí  na kultivační půdy, (a tam jsou udržovány v běžném režimu při 20OC s fotoperiodou 14 h), a dále na půdy bankovní, (na půdy se zvýšeným podílem sacharózy), a tam jsou udržovány při teplotě  cca 10OC s fotoperiodou 10 h. Každý izolát je na bankovních půdách udržován minimálně ve třech jedincích (zkumavkách), označených identifikačními údaji. Po zpětném převodu na kultivační půdy a vedení v kultivačních podmínkách jsou materiály rozmnožovány do rozsahu potřebného pro provedení potřebných testů. Laboratorní testy jednotlivých izolátů jsou v intervalu 1 – 2 let opakovány jak z rostlinek in vitro, tak z rostlinek převedených do skleníkových podmínek.

Využití sbírky:

Sbírkové izoláty jsou využívány v řadě řešených výzkumných projektů na vlastních i cizích pracovištích, jsou průběžně poskytovány všem diagnostickým laboratořím jako pozitivní kontroly pro sériové testy ELISA a jako pozitivní kontroly v práci referenční laboratoře pro karanténní choroby bramboru virové a viroidní etiologie. Izoláty jsou na vyžádání poskytovány též zájemcům ze zahraničí.


Kontakt:

Výzkumný ústav bramborářský Havlíčkův Brod s.r.o.
Dobrovského 2366
58001 Havlíčkův Brod

•    vedoucí/odpovědný pracovník
Ing. Martin Kmoch, Ph.D.

•    kontakt
e-mail: kmoch@vubhb.cz
tel.: 569 466 231
webové stránky: www.vubhb.cz







































































czech version | english version Kontakt