Národní program konzervace a využívání genetických zdrojů mikroorganismů a drobných živočichů hospodářského významu



Úvod Zoopatogenní mikroorganismy Fytopatogeny UP Olomouc Patogeny chmele Průmyslově využitelné mikroorganismy Mlékárenské mikroorganismy
Pivovarské kvasinky Fytopatogenní viry Viry ovocných dřevin Viry brambor Viry okrasných rostlin Fytopatogenní bakterie
Rhizobia Biotrofní houby Houby UK Praha Zemědělsky významné houby Fytopatogenní oomycety Jedlé makromycety VÚRV
Basidiomycety Živočišní škůdci Skladištní škůdci CCM - potravinářské technologie Mlékárenské a pekárenské kontaminanty Námelovité houby

 

  Sbírka basidiomycetů hospodářsky významných pro zemědělství (CCBAS-A)


O sbírce

•    Historie
Sbírka basidiomycetů hospodářsky významných pro zemědělství (CCBAS-A) je integrální součástí mateřské sbírky CCBAS (Culture Collection of Basidiomycetes), uchovávané v Mikrobiologickém ústavu AV ČR, v.v.i., která vznikla v roce 1959. Od roku 2003 je CCBAS-A zařazena do Národního programu konzervace a využívání genetických zdrojů mikroorganismů a drobných organismů hospodářského významu. Zde figuruje jako kolekce genetických zdrojů basidiomycetů hospodářsky významných pro zemědělství pod evidenčním číslem NPGZ-M/03-025 (předmět podpory B 3.8. Basidiomycety).
Sbírka zahrnuje v současnosti 346 kmenů basidiomycetů ve 168 druzích, zejména dřevokazných; nové kmeny jsou průběžně doplňovány.

•    Charakteristika sbírky (kmenů), počty kultur
 
•    Aktivity/výzkumné aktivity
Součástí práce pracovníků sbírky je studium nových a optimalizace stávajících metod konzervace hub, jejich ověřování a zavádění do praxe. Na našem pracovišti byla vyvinuta a ověřena nová původní metoda kryoprezervace kultur hub na perlitu, která je prakticky využívána nejen v naší, ale i četných zahraničních sbírkách hub. Pracoviště slouží jako zdroj kultur basidiomycetů pro účely výzkumu a výuky, který je hojně využíván domácími i zahraničními kolegy. Další aktivitou jsou konzultace týkající se kultivace, fyziologie a genetiky basidiomycetů. Dr. Homolka přednáší na Přírodovědecké fakultě UK (Základy fyziologie a genetiky vláknitých hub) a účastní se tuzemských a zahraničních konferencí a kongresů. Nezanedbatelnou aktivitou je také publikace dosažených výsledků v impaktovaných odborných časopisech. Dr. Homolka také provádí podle potřeby školení operátorů sbírek pro práci s databázemi.


•    Metody uchování kmenů
Ve sbírce CCBAS-A jsou používány dva hlavní způsoby konzervace kultur. První spočívá v přeočkovávání kultur na agarových médiích ve zkumavkách (tzv. šikmé agary), které jsou pak uloženy v chladničce při cca 4 - 7 0C. Frekvence přeočkovávání je závislá na druhu uchovávané houby a pohybuje se mezi třemi a dvanácti měsíci. Sledování kultur určených k přeočkování se děje automaticky pomocí provozního databázového programu. Vlastní přeočkování se provádí (při dodržení přísné ochrany před kontaminací v laminárním boxu) přenesením malého kousku mycelia na čerstvé pevné kultivační médium ve zkumavkách. U všech kultur jsou používána paralelně dvě kultivační média: velkou většinou v kombinaci SL (základem je sladina) a GC (základem je glukosa a extrakt z kukuřičné máčecí vody); u menšiny kultur pak některá další specifická média. Druhým způsobem konzervace je kryoprezervace v kapalném dusíku. Jako nosiče houbového mycelia jsou užívány částice perlitu v kryozkumavkách, zvlhčené sladinovým médiem. Takto připravené vzorky kultur jsou zamrazovány v programovatelném počítačem řízeném zařízení IceCube podle specifických protokolů (odlišných pro různé skupiny hub) a následně uloženy do kontejneru s kapalným dusíkem. Aktivace pak probíhá vysetím na pevné agarové médium nebo do kapalného média. Vzhledem k charakteru houbových kultur je třeba vyvíjet stále dokonalejší metody jejich dlouhodobého uchovávání. Modifikovaným postupem se podařilo docílit po kryoprezervaci zachování významných morfologických, fyziologických i genetických vlastností původních kmenů včetně produkčních.
Sbírkové kultury jsou hodnoceny každoročně. Účelem hodnocení je zjistit zejména případné změny, ke kterým došlo v průběhu uchovávání. Frekvence hodnocení se liší podle použité konzervační techniky. Je samozřejmé, že vlastnosti kultur udržovaných na pevných médiích je nutno ověřovat častěji než při kryogenní konzervaci. U všech kultur je hodnocena jejich životaschopnost, makromorfologie (tvar, zabarvení, výška a hustota myceliální kolonie), mikromorfologie (vzhled hyf, jejich větvení, přítomnost přezek, spor a jejich vlastností apod.), růst (rychlost a kvalita růstu) a čistota (tj. nepřítomnost kontaminace). V případě potřeby nebo při podrobném hodnocení (interval podle variability jednotlivých kultur, většinou po 2 až 5 letech) je kromě výše uvedeného hodnocen růst kvantitativně (měřením průměru kolonií na pevném médiu nebo stanovením suché hmotnosti mycelia z tekutého média po submersní kultivaci) a případně jsou hodnoceny i biochemické vlastnosti kultury (např. stanovení enzymových aktivit, zejména u dřevokazných hub – semikvantitativní metoda API ZYM a kvantitativní metody pro vybrané enzymy). Kultury uložené v kapalném dusíku musí být před hodnocením přeneseny výsevem na pevná agarová média nebo do tekutých médií. Používají se většinou média popsaná výše pro pasážování kultur, která jsou v některých případech obohacena o kryoprotektant (většinou 5% glycerol). Obecně platí, že kultury uchovávané pasážováním jsou hodoceny jedenkrát ročně, kutury uchovávané v kapalném dusíku je třeba hodnotit nejméně jedenkrát za 5 let. Je-li vzorek kultury expedován mimo sbírku, je příslušná kultura nejprve hodnocena. U nových kultur je nutné (a u stávajících vhodné) jejich taxonomické určení. Basidiomycety jsou z tohoto hlediska značně náročná skupina hub, protože mnohé obtížně fruktifikují a myceliální kultury jsou nesnadno rozlišitelné. Proto byla ve sbírce zahájena molekulárně genetická charakterizace jednotlivých kmenů.

•    Databáze
Údaje o kulturách a provozu sbírky jsou uchovávány jednak lokálně v provozní databázi, speciálně pro tuto funkci vyvinuté, jednak v centrální databázi NP ve VÚRV v Ruzyni a její lokálně umístěné dceřiné databázi na pracovišti MBÚ AV ČR, v.v.i. Databázový program je průběžně zdokonalován. Koncepce provozního databázového programu se stala základem pro vývoj databázové aplikace pro centrální databázi. Průběžně je evidováno poskytnutí vzorku kultur, popř. informací, jiným subjektům. Základem dokumentace jsou údaje o vědeckém názvu kmene (druh, kmen nebo rasa, varieta), kultivačním médiu, podmínkách kultivace, původu kmene (místo a autor izolace, země původu),  o způsobu konzervace a datu poslední obnovy. Východiskem pro způsob a postup hodnocení je zákon č. 148/2003 Sb. o konzervaci a využívání genetických zdrojů rostlin a mikroorganismů významných pro výživu a zemědělství a jeho prováděcí vyhláška.


Využití sbírky:

Sbírka kultur basidiomycetů je členem World Federation of Culture Collections (WFCC) a je evidována ve World Data Centre of Microorganisms pod číslem 558. Dále je členem Federation of Czechoslovak Collections of Microorganisms (FCCM). V rámci mezinárodní spolupráce a výměny informací poskytuje sbírka údaje o uchovávaných kulturách basidiomycetů (viz centrální databáze ve VÚRV, katalogy WFCC a Federace československých sbírek mikroorganismů FCCM) a na základě objednávek i kultury do zahraničí. Sbírka spolupracuje s domácími i renomovanými zahraničními sbírkami (např. CBS v Utrechtu nebo MUCL v Louvain-la-Neuve) a univerzitami (např. ve Wageningen nebo v Oslu).
Jak bylo uvedeno, kmeny jsou využívány pro nekomerční účely výzkumu a výuky a jsou poskytovány uživatelům domácím i zahraničním.



Kontakt:

Mikrobiologický ústav AV ČR, v.v.i.
Laboratoř environmentální mikrobiologie
Vídeňská 1083
142 20 Praha 4

Pracovníci/kontakt
•    vedoucí sbírky
RNDr. Ivana Eichlerová, PhD, vedoucí a kurátor
•    další pracovníci
Ing. Petra Dobiášová
e-mail: eichler@biomed.cas.cz
tel.: 241 062 397
fax: 241 062 384

web CCBAS: www.biomed.cas.cz/ccbas/fungi.htm







czech version | english version Kontakt