Výzkumný tým 22: Rostlinolékařská virologie a fytoplazmatologie

 
 
Pracovní pozice a specializace: samostatný vědecký pracovník - zabývá se výzkumem virů a fytoplazem révy vinné a ovocných dřevin z hlediska jejich charakterizace na molekulární úrovni, šíření a škodlivosti. V současnosti se podílí na mezinárodním projektu COST-DIVAS zaměřeném na next generation sequencing. 
 
Rámec a cíle výzkumu v týmu:
Výzkum virů a fytoplazem ovocných dřevin, révy vinné a zelenin s důrazem na karantenní patogeny a patogeny s vysokou hospodářskou škodlivostí.
Výzkum je zaměřen na metody spolehlivé a přesné diagnostiky, včetně diagnostiky kmenů, šíření a epidemiologii v České republice, hostitelské rostliny, přenašeče a metody ochrany.
Výzkum rezistence ovocných dřevin, révy vinné a zelenin je zaměřen na hodnocení odolnosti odrůd k patogenům, hledání nových zdrojů rezistence a hodnocení rezistence transgenních odrůd. Získané poznatky jsou uplatňovány ve vypracování metod integrované ochrany ovocných dřevin, révy vinné a zelenin proti rostlinným virům a fytoplazmám.
 
Foto: virová infekce na rostlině révy genotypu LN33, v porovnání se zdravými rostlinami
 
 
Specifikace činností:
 
Výzkum
  • sledování přirozeného přenosu viru šarky švestky mšicemi na podnože peckovin
  • výzkum rezistence odrůd meruněk k viru šarky švestky
  • stanovení výskytu viru šarky švestky ve vybraných ovocných školkách
    komplexní výzkum rezistence GM švestky HoneySweet k viru šarky švestky, viru zakrslosti slivoně a viru chlorotické skvrnitosti jabloně
  • výzkum nepřenosnosti viru šarky švestky mšicemi na vybrané k PPV rezistentní odrůdy švestky, meruňky a broskvoně a podnože stejného charakteru za účelem založení produkčních sadů prostých viru šarky švestky po celou dobu jejich životnosti (25-35 let).
  • výzkum možnosti křížové ochrany kmenu viru šarky švestky PPV-W proti patogennímu kmenu PPV-D
  • výzkum metod diagnostiky karantenní fytoplazmy ESFY v meruňkách a broskvoních
    sledování šíření fytoplazmy ESFY v sadech meruňky
  • zjišťování výskytu nepatogenních, bezpříznakových kmenů ESFY ve stromech meruňky
  • výzkum eliminace viru šarky švestky v odrůdách slivoně, meruňky a broskvoně
  • ověřování fenotypové stability odrůd ozdravených od viru šarky švestky
  • výzkum genetické variability nejvýznamnějších virů révy vinné v ČR
  • výzkum, vývoj a inovace metod diagnostiky virů révy vinné
  • next-generation sequencing pro výzkum virů révy vinné v ČR
  • sledování výskytu a epidemiologie fytoplazem révy vinné v ČR, s důrazem zejména na šíření nebezpečné karanténní fytoplazmy Flavescence dorée
  • výzkum křížové ochrany proti viru žluté mozaiky cukety
  • stanovení rezistence rostlin čeledi tykvovitých k viru žluté mozaiky cukety
  • výzkum rozšíření a epidemiologie nových a invazivních virů zelenin
  • stanovení výskytu fytoplazmy stolburu rajčete
     
Další činnosti
  • udržování virových a fytoplazmatických patogenů ovocných dřevin a jejich kmenů v rámci sbírky virů, zařazené do Národního programu genetických zdrojů mikroorganismů
  • udržování virových patogenů révy vinné v rámci sbírky virů, zařazené do Národního programu genetických zdrojů mikroorganismů
  • udržování virových patogenů zelenin v rámci sbírky virů, zařazené do Národního programu genetických zdrojů mikroorganismů 
 
Jiné činnosti (služby)
  • diagnostika virových patogenů ovocných dřevin, révy vinné a zelenin pro zemědělské podniky a veřejnost
  • zemědělské poradenství na úseku virových a fytoplazmatických chorob ovocných dřevin, révy vinné a zeleniny
  • vypracování odborných podkladů za úsek virových a fytoplazmatických chorob ovocných dřevin, révy vinné a zelenin pro potřeby Ministerstva zemědělství, státní správy a profesních sdružení (Ovocnářská unie)
  • expertní činnost v odborných pracovních skupinách Ministerstva zemědělství
     
 
Další členové týmu:
 
Doc. Ing. Jaroslav Polák, DrSc.: vedoucí vědecký pracovník - fytopatolog-virolog. Výzkum virů ovocných dřevin, ozdravování odrůd ovocných dřevin od virů a fytoplazem, komplexní výzkum karanténního viru šarky švestky, hodnocení rezistence, diagnostika kmenů, šíření a epidemiologie, transgenní rezistence odrůd v kombinaci s rezistentními podnožemi v ochraně a eliminaci viru šarky švestky, diagnostika a šíření karantenní fyoplazmy Evropské žloutenky peckovin (ESFY). Křížová ochrana odrůd pomocí nepatogenních kmenů virů a fytoplazem.

Ing. Jiří Svoboda, Ph.D.: vědecký pracovník - výzkum virů a fytoplazem jednotlivých druhů zeleniny, molekulární diagnostika virů, fytoplazem a jejich kmenů. Jediný specialista ČR pro tuto problematiku. V rámci výzkumného týmu se specializuje na výzkum virových chorob plodových zelenin. Sleduje šíření a rozšíření těchto virů v zelinářských oblastech ČR. Zaměřuje se i na ochranná opatření včetně využití odolných odrůd, zejména v případě vysoce škodlivého viru žluté mozaiky cukety (ZYMV). Provádí biologické testy diagnostiky fytoplazem ovocných dřevin. Je kurátorem Sbírky fytopatogenních virů.

Mgr. Marcela Komínková: vědecký asistent - imunoenzymatická a molekulární diagnostika rostlinných patogenů, v rámci výzkumných projektů týmu a výzkumné etapy výzkumného záměru provádí diagnostiku virů a fytoplazem napadajících ovocné dřeviny a révu vinnou pomocí imunoenzymatických a molekulárních metod, včetně odběru a přípravy vzorků.

Miloslava Ducháčová: vedoucí technik ve výzkumu – elektronová mikroskopie virů a fytoplazem, transmisní a skanovací elektronová mikroskopie včetně fotodokumentace, ultratenké řezy na ultramikrotomu, technické práce na úseku ozdravování odrůd rostlin od virů a fytoplazem, zajišťování technických prací a činností pro výzkumný tým a vedoucího týmu.

Markéta Dubayová: pomocný technik – v rámci týmu zajišťuje přípravu indikátorových rostlin, jejich ošetřování, zalévání a udržování, a další pomocné technické práce.

Bc. Markéta Vítámvásová: technik ve výzkumu - zajišťuje kapacitou 20 % technické práce na úseku výzkumu virů zeleniny, provádí imunoenzymatickou diagnostiku a udržuje chov mšic Myzus persicae pro potřeby výzkumu virů zeleniny. Ve Sbírce virů udržuje 4 viry zeleniny.

Kontakty na pracovníky týmu (telefon, mobil, e-mail) naleznete zde
 
 
Nejvýznamnější aktuální výsledky týmu:

Využití sekvenování nové generace pro identifikaci virů révy vinné
Na révě vinné bylo dosud popsáno více než 60 virů a virům podobných organismů. Jejich identifikace a detekce pomocí druhově specifických metod by byla značně materiálně i časově náročná, proto se hledá využití metod umožňujících detekci více škodlivých organismů současně. A právě metoda sekvenování nové generace, ačkoliv patří k finančně náročnějším, umožňuje detekovat všechny viry a virům podobné organismy v testované rostlině současně. Aplikaci této metody na vybrané rostliny révy vinné pocházející z různých oblastí ČR byl zjištěn vysoký (90-100%) výskyt dvou viroidů v rostlinách révy vinné v ČR, přičemž Hop stunt viroid byl již dříve detekován v révě v ČR, zatímco u Grapevine yellow speckle viroid 1 jde o první popsaný nález v ČR.
Citace:
Eichmeier A, Komínková M, Komínek P, Baránek M (2016) Comprehensive virus detection using next generation sequencing in grapevine vascular tissues of plants obtained from the wine regions of Bohemia and Moravia (Czech Republic). PLoS ONE 11(12): e0167966. doi:10.1371/journal.pone.0167966

Geneticky modifikovaná švestka rezistentní vůči viru šarky švestky
Získání odrůd rezistentních vůči viru šarky švestky je cílem výzkumu v EU i všude ve světě, kam se tento vysoce škodlivý virus rozšířil. V současnosti je již 14 roků v polních podmínkách ve VÚRV testována geneticky modifikovaná švestka HoneySweet.
Podmínky přirozené i umělé infekce virem šarky švestky prokázaly vysokou rezistenci této odrůdy. Ani současná infekce dalšími viry, které se na peckovinách vyskytují, neměla žádný vliv na rezistenci této švestky, která tak představuje řešení pro oblasti s vysokým výskytem viru šarky švestky.
Citace:
Polák J, Kundu JK, Krška B, Beoni E, Komínek P, Pívalová J, Jarošová J (2017) Transgenic plum Prunus domestica L., clone C5 (cv. HoneySweet) for protection against sharka disease. Journal of Integrative Agriculture 16 (3): 516-522.
 

Řešené projekty:
  • MZE RO0417 (MZe): Institucionální projekt VÚRV, Udržitelné systémy a technologie pěstování zemědělských plodin pro zlepšení a zkvalitnění produkce potravin, krmiv a surovin v podmínkách měnícího se klimatu - Výzkumný směr Environmentálně vyvážené systémy ochrany plodin a zdraví rostlin - Věcná etapa 22: Výzkum hospodářsky významných a karanténních virů a fytoplazem ovocných dřevin, révy vinné a zeleniny (vedoucí etapy P. Komínek).
  • QJ1610186 (MZe): Přenos rezistence z GM odrůdy švestky "HoneySweet" do odrůdy "Domácí velkoplodá", hodnocení transgenní a netransgenní rezistence slivoní k viru šárky švestky (odpovědný řešitel J. Polák).
  • LD15163 (MŠMT): Použití next generation sequencing pro diagnostiku virových a virům podobných chorob révy vinné (odpovědný řešitel P. Komínek).
  • COST-DIVAS FA1407 (EU): Empowering high throughput sequencing for the study and the diagnostic of plant viruses (P. Komínek).
  • INTEREST-269292 (7 framework programme EU: Franch-Czech-USA): Intercontinental and temporal research studies on transgene engineered in plums (odpovědný řešitel za ČR J. Polák).
  • Koordinace návrhu EFSA na uvolnění GM švestky C5 k pěstování v EU a ČR. Fondy Black Sea a USA (koordinátor J. Polák).
  • Národní program konzervace a využívání genetických zdrojů mikroorganismů a drobných živočichů hospodářského významu (Ministerstvo zemědělství). Koordinace činnosti Národního programu mikroorganismů: pověřenou osobou podle zákona je VÚRV, národním koordinátorem je ing. Petr Komínek, Ph.D.
    Sbírka fytopatogenních virů a kolekce virových patogenů na ovocných dřevinách a révě vinné v technickém izolátu (Národní program mikroorganismů). Zodpovědný kurátor: Ing. Jiří Svoboda, Ph.D.
     

Seznam publikací za poslední dva roky:

  • Eichmeier A, Komínková M, Komínek P, Baránek M (2016). Comprehensive Virus Detection Using Next Generation Sequencing in Grapevine Vascular Tissues of Plants Obtained from the Wine Regions of Bohemia and Moravia (Czech Republic). PLoS ONE 11(12): e0167966. doi:10.1371/journal.pone.0167966
  • Komínek P., Komínková M., Jandová B. (2016). Effect of repeated Ribavirin treatment on grapevine viruses. Acta virologica 60(4): 400-403.
  • Polák J., Komínek P. (2016). Investigation on the incidence of Plum pox virus in fruit nurseries of the Czech Republic. Plant Protection Science 52 (3): 158-163.
  • Polák J, Kundu JK, Krška B, Beoni E, Komínek P, Pívalová J, Jarošová J (2017). Transgenic plum Prunus domestica L., clone C5 (cv. HoneySweet) for protection against sharka disease. Journal of Integrative Agriculture 16 (3): 516-522.
  • Reynard J-S, Brodard J, Dubuis N, Yobregat O, Kominek P, Schumpp O, Schaerer S (2017). First Report of Grapevine rupestris vein feathering virus in Swiss Grapevines. Plant Disease 101 (6), 1062. https://doi.org/10.1094/PDIS-01-17-0140-PDN
  • Scorza, R., Ravelonandro, M., Callahan, A., Zagrai, I., Polák, J., Malinowski, T., Cambra, M., Levy, L., Damsteegt, V., Krška, B., Cordts, J., Gonsalves, D., Dardick, C. (2016). 'HoneySweet' (C5), the First Genetically Engineered Plum pox virus-resistant Plum (Prunus domestica L.) Cultivar . HortScience, 51(5): 601-603.
  • Svoboda, J., Komínek, P. Svobodová, L. (2016). Poškození plodů tykve Cucurbita maxima 'Hokkaido' infekcí virem mozaiky vodního melounu (WMV). Úroda, 64(12 věd.př.): 293-296.
  • Svoboda, J., Salava, J. (2016). Výskyt fytopatogenních virů a fytoplazmy evropské žloutenky peckovin (ESFY) ve vybraných sadech slivoní v Čechách. Úroda, 64(12 věd.př.): 297-300.

Úplný přehled publikací členů týmu naleznete zde.

______________________________________________
Webová stránka týmu byla a
ktualizována k 06.11.2017 

Message
zavřít