Vedoucí odboru: Ing. Jiban Kumar, Ph.D.
Hlavní činností je aplikovaný výzkum v oboru rostlinolékařství a v oblasti ochrany zemědělských plodin a jejich produktů před škodlivými organismy. Cílem výzkumu je získávání poznatků a vývoj metod a systémů opatření, které zabraňují nebo snižují ztráty způsobované škodlivými organismy, zvyšují účinnost ochranných opatření a umožňují zajistit bezpečnost potravin a krmiv a omezit negativní dopady systémů ochrany na životní prostředí. Cílem výzkumu je také minimalizace spotřeby syntetických pesticidů a jejich náhrada za biologické nebo jiné alternativní prostředky ochrany, které zajišťují vysokou kvalitu produktů. Výsledky výzkumu využívají jak pěstitelé zemědělských plodin, skladovatelé komodit a rostlinných produktů, tak orgány státní správy na úseku rostlinolékařské péče.
Hlavní směry výzkumu zahrnují problematiku inovací prostředků a metod ochrany rostlin, včetně zdokonalování systémů integrované ochrany rostlin proti komplexu škodlivých organismů na určité plodině nebo skupině plodin. Na vývoj nových metod a prostředků ochrany je zaměřen také výzkum na úseku ochrany zemědělských zásob vůči škodlivým organismům. Společným cílem v předsklizňové a posklizňové ochraně je zajištění vysoké kvality produktů a minimalizace rizik výskytu reziduí pesticidů a přírodních kontaminantů v potravinových řetězcích. Tradičně rozsáhlá je výzkumná činnost na úseku diagnostiky škodlivých organismů, zahrnující inovace metod detekce a kvantifikace škodlivých organismů, zejména karanténních a hospodářsky významných. Vyvíjeny jsou také metody detekce a diagnostiky rezistence škodlivých organismů k pesticidům pro účely monitoringu rezistence a pro vývoj antirezistentních strategií. Studium biologie, ekologie a epidemiologie škodlivých organismů je základem pro vývoj a využívání nových strategií v ochraně proti škodlivým organismům. K prioritám výzkumu patří vývoj a využití biotechnologických metod a postupů k ochraně proti škodlivým organismům kulturních rostlin a jejich produktů. Novým směrem výzkumu je rozvoj genomiky, proteomiky a transgenóze na úseku ochrany zdraví rostlin. Vedle klasického výzkumu zdrojů a mechanismů rezistence rostlin ke škodlivým organismům má tato priorita úzkou návaznost na výzkum v oblasti genetiky a šlechtění rostlin rezistentních nebo tolerantních k biotickým a abiotickým faktorům a na vývoj transgenních rostlin s požadovanými vlastnostmi nebo kvalitou produktů. Předmětem výzkumu je také hodnocení přínosů a rizik transgenních rostlin využívaných v ochraně proti škodlivým organismům. V rámci odboru je zajišťována činnost a koordinace Národního programu konzervace a využívání drobných organismů a mikroorganismů významných pro zemědělství.
Organizačně je Odbor rostlinolékařství členěn do pěti oddělení a jedné laboratoře: