Výzkumný tým 19: Interakce rostlinných virů s hostiteli a vektory

 
Vedoucí týmu: Ing. Shesh Kumari, Ph.D. 
 
Pracovní pozice a specializace: samostatný vědecký pracovník - nematodologie, interakce virus - vektor háďátka
 
Rámec a cíle výzkumu v týmu:
Interakce rostlinných virů s hostiteli a vektory s cílem vyvinout účinnou regulaci virových patogenů a ochranu plodin vůči virózám a jejich vektorům. Výzkum zahrnuje genomická studia rostlinných virů, ekologii vektorů a epidemiologii viróz obilnin, inovaci diagnostických metod pro detekci a kvantifikaci virových infekcí v reálném čase, studium podstaty mechanismů rezistence rostlin vůči virům, identifikace nových zdrojů rezistence vůči virům a zlepšení odolnosti rostlin vůči virózám pomocí genomických a transgenomických postupů a metod.

Specifikace činností:

Výzkum
  • výzkum etiologie virových chorob a genetické diverzity virů, včetně detekce karanténních virových patogenů
  • studium patosystémů virových chorob a biologie a ekologie vektorů v  agroekosystémech
  • inovace diagnostických metod virových patogenů obilnin, trav, ovocných dřevin a specifických plodin
  • monitoring virových chorob obilnin a jejich vektorů s ohledem na globální změny
  • mechanizmus a podstata rezistence rostlin vůči virovým patogenům včetně systému umlčení genů v interakci virus-rostlina
  • identifikace zdrojů rezistence obilnin proti virovým patogenům, včetně transgenózy pro získání odolnosti vůči virům
  • výzkum genomiky virů-rostlin pomoci molekulární metod (exprese genů, sekvenční technologie včetně next generation sequencing) pro identifikaci genů odpovědných za patogenitu či virulenci a rezistenci rostlin
  • udržování populace vektorů virů
Další činnosti
  • udržování virových patogenů obilnin, trav a ovocných dřevin v rámci národního programu mikroorganizmů a jejich stálý rozvoj
Jiné činnosti (služby)
  • diagnostika virových patogenů jako servis pro pěstitele plodin, poradenské firmy a státní správu
  • detekce a determinace vektorů virů pro pěstitele
  • zemědělské poradenství v oblasti virových chorob obilnin
 
Další členové týmu:

Ing. Jiban Kumar, Ph.D.: vedoucí vědecko-výzkumný pracovník - náměstek ředitele pro hlavní činnost
 
Ing. Jan Ripl, Ph.D.: vědecko-výzkumný asistent - virové choroby obilnin a trav
 
Ing. Jan Fousek, Ph.D.: vědecko-výzkumný asistent - molekulární biologie, studium interakce virus-vektor-rostlina

Ing. Jana Jarošová, Ph.D.: vědecko-výzkumný pracovník - molekulární biologie, studium interakce virus-vektor-rostlina

Ing. Eva Beoni, Ph.D. (mateřská dovolená): vědecko-výzkumný asistent - molekulární biologie, diagnostika virů a rezistence rostlin vůči nim
 
RNDr. Pavel Cejnar: odborný asistent výzkumu - virologie, genomické studia virů obilnin

Mgr. Khushwant Sandhu Singh, Ph.D.: vědecko-výzkumný pracovník – virologie, molekulární biologie, bioinformatika

Ing. Zuzana Červená: technik ve výzkumu - biologické pokusy a serologická diagnostika virů

Bc. Markéta Vítámvásová: technik ve výzkumu - biologické pokusy a detekce nematod

Ing. Broženská Michaela: technik ve výzkumu – polní pokusy a diagnostika vektorů virů

Kontakty na pracovníky týmu (telefon, mobil, e-mail) naleznete zde.


Nejvýznamnější aktuální výsledky týmu:
 
Výskyt BYDV a odolnost vůči tomuto viru v ozimech
V rámci 4letého monitoringu výskytu z obilnin v ČR byl v průměru prokázán výskyt 13,3 % BYDV pozitivních náhodných vzorků pšenice a ječmene. Rezistence odrůd ječmene a pšenice byla hodnocena v polních pokusech s umělou infekcí, která byla provedena pomocí přenašeče mšice Rhopalosiphum padi kmenem BYDV-PAV. U zkoušených materiálů byla prokázána variabilita ve sledovaných znacích (symptomatické hodnocení a redukce hmotnosti zrna na klas), tyto výsledky byly v souladu se zjištěnými hodnotami titru viru BYDV, které byly získány metodou qPCR.
Citace:
Beoni, E., Chrpová, J., Jarošová, J., Kumar Kundu, J., 2016. Survey of Barley yellow dwarf virus incidence in winter cereal crops, and assessment of wheat and barley resistence to the virus. Crop & Pasture Science, 67(10): 1054-1063
 
 
Odolnost obilnin vůči BYDV
Jedinou možností ochrany obilnin vůči BYDV je krom ošetření insekticidem pěstování na rezistenci vůči tomuto viru. Tento článek popisuje současné trendy ve šlechtění tímto směrem, včetně transgenních přístupů a šlechtění na rezistenci k vektoru viru - mšicím.
Citace:
Jarošová, J., Beoni, E., Kumar Kundu, J., 2016. Barley yellow dwarf virus resistance in cereals: Approaches, strategies and prospects. Field Crops Research, 198: 200- 214
Obrázek: Schéma linií pšenice nesoucí geny rezistence vůči BYDV. Šipky ukazují směr vývoje a vzniku jednotlivých linií.
 
Popis nového druhu háďátka Xiphinema browni sp. n. - přenašeče nepoviru

Fytoparazitická háďátka rodu Xiphinema (Nematoda: Longidoridae) způsobují rostlinám přímé škody napadením jejich kořenových buněk. Kromě přímých škod mohou některé ekonomicky významné druhy Xiphinema způsobit nepřímé poškození rostlin jako vektory nepovirů. V této práci byl podrobně morfologicky i molekulárně popsán nový druh X. browni ze třech lokalit z Moravy (Kurdějov, Mohyla míru, Sokolnice) a porovnán fylogeneticky s příbuznými druhy. Byly analyzovány čtyři markery ribosomální DNA a dva markery mitochondríální DNA. Prvním krokem při ochraně fytoparazitických háďátek je identifikace patogenů v zemědělských plodinách. Proto byly studovány tři populace X. browni, aby se zajistila lepší detekce a determinace a zlepšily možnosti kontroly takových škůdců v rhizosféře vinné révy v hlavních vinařských oblastech České republiky.
Citace:
Lazarova, S., Peneva, V., Kumari, S.,
2016. Morphological and molecular characterisation, and phylogenetic position of X. browni sp. n., X. penevi sp. n. and two known species of Xiphinema americanum-group (Nematoda, Longidoridae). ZooKeys, 574: 1-42. doi: 10.3897/zookeys. 574.8037

Obrázek: Nový druh fytoparazitického háďátka Xiphinema browni.
A: Přední část samičky
B: Ocas samečka
C: Ocas samičky.
Měřítko 30 mm. 

 

Řešené projekty:
  • MZE RO0417: Udržitelné systémy a technologie pěstování zemědělských plodin pro zlepšení a zkvalitnění produkce potravin, krmiv a surovin v podmínkách měnícího se klimatu (řešitel) 
    Věcná etapa 19: Studium interakcí virových patogenů rostlin s hostiteli a přenašeči v podmínkách měnícího se klimatu
  • TF02000056: NGS pro širokospektrální diagnostiku virových chorob rostlin a pro studium interakcí virus – hostitel
  • QJ1530373: Integrovaná ochrana obilnin proti patogenům, plevelům a škůdcům pro udržitelné produkce potravin, krmiv a surovin
     

Seznam vybraných publikací (2016):

Vědecké publikace

  • Beoni, E., Chrpová, J., Jarošová, J., Kumar Kundu, J., 2016. Survey of Barley yellow dwarf virus incidence in winter cereal crops, and assessment of wheat and barley resistence to the virus. Crop & Pasture Science, 67(10): 1054-1063
  • Jarošová, J., Beoni, E., Kumar Kundu, J., 2016. Barley yellow dwarf virus resistance in cereals: Approaches, strategies and prospects. Field Crops Research, 198: 200-214
  • Lazarova, S., Peneva, V., Kumari, S., 2016. Morphological and molecular characterisation, and phylogenetic position of X. browni sp. n., X. penevi sp. n. and two known species of Xiphinema americanum-group (Nematoda, Longidoridae). ZooKeys, 574: 1-42. doi: 10.3897/zookeys.574.8037.

Certifikované metodiky a užitné vzory

  • Jarošová, J., Dráb, T., Beoni, E., Kumar, J., 2016. Metodika detekce virů obilnin a trav pomocí SYBR Green I RT-qPCR. Praha, Výzkumný ústav rostlinné výroby, v.v.i., 38 pp.
  • Cejnar, P., Kumar, J., 2016. Vysoce efektivní reakční směs pro molekulární detekci a kvantifikaci viru zakrslosti pšenice pomocí real-time qPCR, č. užitného (průmyslového) vzoru: 29271.

Detailní přehled všech publikací členů týmu naleznete zde.

______________________________________________
Webová stránka týmu byla a
ktualizována k 26.06.2017

Message
zavřít